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基因型分析软件SoftGenetics GeneMarker 3.0.0破解版

  • 软件大小:未知
  • 更新日期:2019-08-23
  • 官方网站:闪电下载吧
  • 软件等级:★★★☆☆
  • 运行环境:Winxp/Win7/Win8/Win10
基因型分析软件SoftGenetics GeneMarker 3.0.0破解版
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GeneMarker破解版是一种独特的基因型分析软件,它集成了新技术,提高了分析的速度,准确性和易用性。对生物学家友好,该软件是AppliedBioSystemsGenotyper和GeneScan或GeneMapper软件的绝佳替代品; LiCor的SAGA,MegaBACE遗传分析仪和片段分析仪,SeqencePilot或MRC Holland' s Coffalyser.Net软件。与所有主要测序系统的输出兼容,即ABI®PRISM, Beckman-Coulter和MegaBACE平台软件的基于Windows的操作(XP,Vista 7或8)简化了诸如放大片段长度分析(AFLP), t-RFLP, SSR(短序列重复)等应用和微卫星分析,任何基因分型应用程序。GeneMarker软件包括用于MLPA, MS-MLPA, LOH, SNapShot, SNPlex, SNPWave, TILLING(基因组靶向诱导局部病变)的集成模块,微卫星不稳定性(MSI),单倍型分析,三体性,以及使用来自GeneProbe,MRC Holland,Abbott Diagnostics和其他化学品,脆性X和其他重复扩增障碍的化学物质的囊性纤维化分析来自Asuragen®和定制化学品。合并工具包括野生种群的亲属关系分析 ; 系统发育聚类 ; 项目比较 ; 以及提供分析审计跟踪和编辑的用户管理。

功能特色

一、临床研究
1、重复扩张障碍
重复扩展疾病重复次数的分析和自动计算,包括:亨廷顿氏病(HTT),肌萎缩性侧索硬化症/额颞叶痴呆(ALS,C9ORF72)和营养不良肌强直蛋白激酶(DMPK)
从基因分型到报告的综合分析提供:
无数据传输 - 减少错误和分析时间
准确计算重复次数 - 提高分析的准确性和速度
     - 使用校准器/已知样品或实验室输入的系数
自定义分析模板以满足实验室SOP - 锁定模板以实现一致的工作流程
简单序列重复的扩增,主要但不限于三核苷酸重复,是
超过40种人类疾病的原因。通常,随着疾病基因的遗传,越来越多的重复导致更严重的表型并且重复的数量增加(扩展)。
GeneMarker软件中的重复扩展应用程序执行重复计算 ; 
将片段大小转换为重复长度。分析参数和报告格式很容易
定制适合实验室的SOP。流动系数由已知重复片段的校准样品自动计算,或从实验室验证研究中手动输入。 报告选项包括结果表的.xls,.txt文件和各个样本报告的.pdf,.png,.jpg(.jpeg)图像文件和项目摘要报告。
GeneMarker®软件与Asuragen®-AmplideX® 重复扩增或定制化学品的数据,所有主要毛细管电泳仪器,Windows®7 - 10 OS的输出文件兼容,可进行快速准确的分析。
2、三重CGG重复和甲基化百分比的自动脆性X分析
从基因分型到报告的完全整合分析提供:
更快,将分析时间缩短50%
减少错误,无数据传输
准确的脆弱X分析
单色和多色分析功能
脆性X综合征(FXS)是由X染色体上FMR1基因的CGG三联体重复扩增引起的; 类似于与亨廷顿氏 病和肌强直性营养不良等其他疾病相关的三核苷酸扩增。在FXS的研究中,基因的重复次数和甲基化状态与影响广泛年龄和群体的一系列疾病相关。 PCR方法的进展允许研究人员使用双色PCR方法直接确定重复长度和甲基化状态。GeneMarker®软件兼容 Asuragen®-AmplideX® 或定制化学品的数据,所有主要毛细管电泳仪器的输出文件,Windows®XP-8 OS,可快速准确地获取分析与FXS相关的大量单染料或两种染料数据。该链接的脆性X应用自动协调在两种染料项目控制和消化通道编辑和执行重复计算; 将片段大小转换为重复长度并计算甲基化百分比。分析参数很容易根据 实验室的SOP 定制 ; 使用具有已知CGG重复长度片段的对照样品或具有CGG重复和bp大小的.txt文件自动计算校正因子。报告选项包括结果表的.xls,.txt文件和各个样本报告的图像文件,以及颜色编码的项目摘要报告。
3、MLPA®分析
多重连接依赖性探针扩增 (MLPA)是一种快速,高通量的技术,用于检测拷贝数变化,包括一般 和临床研究应用。试剂盒可通过MRC Holland商购获得。GeneMarker®软件提供专门用于洗钱法分析整个模块的房子,没有互联网需要。MLPA分析应用程序直接链接到程序,允许用户在一个程序中处理原始数据,规范化样本和执行MLPA分析 - 消除不必要的数据传输。
使用GeneMarker软件进行MLPA分析既快速又准确, 只需几分钟即可对96个样品进行完整的 MLPA ,MS-MLPA或Luminex-MLPA分析。GeneMarker软件与所有主要遗传分析仪的输出兼容,包括:ABI®PRISM, Beckman-Coulter®和MegaBACE®。通过GeneMarker软件的 面板编辑器,我们的网站或tech_support@softgenetics.com访问MLPA面板。GeneMarker软件的MLPA应用程序已经过全球研究医院的验证,包含在EuroGentest中 验证报告,是GeneMapper®, Genotyper™, GeneScan®,SequencePilot®和Coffalyser.Net软件的绝佳替代品。
4、用于遗传疾病和基因组印迹研究的MS-MLPA®甲基化特异性多重连接依赖性探针扩增
GeneMarker®软件DNA分析软件与所有主要的CE遗传分析仪兼容,是用于MLPA®的Coffalyser.Net,GeneMapper®,Genotyper™,GeneScan®和CEQ™片段分析软件的 绝佳替代品 用于检测与各种疾病和癌症相关的遗传缺失和重复。检测基因组DNA中的甲基化位点也很重要:1)如果启动子被甲基化,则基因不会被转录,并且不会产生其相关蛋白。2)DNA甲基化在基因组印记中很重要(Prader-Willi综合症和Angelman综合症)。 用于分析来自MRC-Holland的启动子甲基化试剂盒(包括肿瘤抑制因子,错配修复基因和基因组印记试剂盒)的数据的小组包含在GeneMarker软件中, 可以从tech_support@softgenetics.com轻松下载或获取。。GeneMarker软件的甲基化特异性 - MLPA®模块可快速准确地检测研究启动子甲基化和基因组印迹疾病的研究人员的甲基化位点。GeneMarker软件的易用性和专业报告选项是MS-MLPA®应用的绝佳选择。
5、三体分析
GeneMarker®软件接受所有主要的CE输出文件,包括: ABI-PRISM®(* .FSA,* AB1,*。ABI),SCF,MegaBace®(* .RSD,*。ESD),Beckman-Coulter文件(*。 CEQ)用于非整倍性/三体性分析。在配子发生过程中,在减数分裂I或减数分裂II期间不分离发生非整倍性,并导致配子中染色体数目异常; 导致三体性或单体性。最常见的三体性形式涉及21号染色体(唐氏综合症)的三体性,其他包括:18号三体性(爱德华兹综合症)),13三体(帕托综合症)。性染色体的非整倍性可能导致额外的X染色体; Klinefelter综合征(男性),Triple X综合征(女性); 单体X产生特纳综合征的女性。GeneMarker软件是GeneMapper®,Genotyper™,GeneScan®的生物学家友好型替代品 , CEQ™片段分析软件。GeneMarker软件提供准确的大小和等位基因调用以及链接的三体性应用程序,用于从QF-PCR 结果进行完整的数据分析Aneufast, CyberGene®, Devyser®, Elucigene QST *R®试剂盒或定制化学品。该计划的定制报告遵循 最佳实践指南。ChimerMarker软件 在非整倍性或三体性分析之前自动化MCC测试。
报告选项包括:
使用峰高或峰面积比
确定与指定的三等位(三体)范围一致的峰比率
确定与中间(不确定)范围一致的峰比率
线性校正数据以解决PCR偏差
显示人口或个体样本的比例图<
结论/授权表
标题自动填充有关样品ID,分析参数和分析师名称/从属关系的信息
6、家系DNA片段数据的单倍型分析和自动相分配谱
家族DNA片段数据用于遗传病研究和植入前 研究等领域的单倍型分析。输入 ABI®PRISM, Beckman-Coulter® 或 将MegaBACE®CE 数据导入GeneMarker软件,通过链接的单倍型分析应用程序提供用户友好,准确的基因分型(避免从一个软件到另一个软件的数据传输的潜在错误),结合每个人的多个PCR反应的等位基因调用信息(替代西里尔文) ©)。自动绘制谱系,并使用儿童和父母的等位基因调用来指定第一或相似的阶段。每当等位基因为相位分配提供信息时,指定模式/颜色条以指示最可能的相位,标记等位基因冲突,检测潜在的单亲二体,允许分析师审查,编辑交叉,保存和打印谱系。
GeneMarker®Software的单倍型分析应用程序的特点
1遵循Bennett等人的观点。家系的命名法
2基于父/子(等)等位基因调用的X连锁和常染色体谱系格式
3编辑家庭和个人信息
4在谱系中显示标记,等位基因调用,个人信息
5通过自定义面板控制谱系中标记的排序
6自动进行一阶相位分配
7编辑重新分配阶段或编辑交叉的功能
8保存谱系并重新打开以添加数据和编辑
9标记的等位基因冲突; 检测潜在的单亲二体性
7、LOH分析(杂合性缺失)
当体细胞仅由于有丝分裂期间的不分离,重组期间的分离或染色体区段的缺失而仅含有一个等位基因拷贝时,发生LOH。 当剩余的等位基因含有使基因失活的点突变时,LOH变得至关重要。这在癌症中常见,其中a肿瘤抑制基因受到影响。GeneMarker®软件片段分析软件与所有主要的遗传分析仪兼容,包括Beckman CEQ™,ABIPRISM®或MegaBACE™ ,旨在帮助研究人员和技术人员检测LOH在癌细胞内。它是CEQ™片段分析软件,MegaBACE®GeneticProfiler,GeneMapper®,Genotyper®的用户友好型替代品 。使用独特的等位基因调用算法,GeneMarker软件使用种系参考比较和检测样品中的LOH,并提供可定制的最终报告,其中包括分析人员的电子签名,肿瘤和参考样本痕迹,比率图和峰值统计表。
LOH迹线和比率图的示例:蓝色迹线是覆盖在红色参考样品迹线上的实验样品,用于立即可视化LOH。
8、囊性纤维化ARMS™和比较分析
ARMS TM(Amplification Refractory Mutation System,Newton等,1989) 等位基因特异性扩增技术,检测DNA中的点突变,插入或缺失。GeneMarker®软件基因分型 软件接受来自Beckman CEQ™,ABIPRISM®或MegaBACE™的 CE数据 遗传分析仪提供快速,准确的基因分型; 链接的ARMS /比较分析应用程序比较给定个体的文件对,在简明的临床研究报告中呈现结果。它是分析GenProbe®EU-2样品用于囊性纤维化的理想选择 (或需要比较重复文件的不同染料通道的任何项目)。
主要分析窗口中的突出显示异常等位基因选项是 使用诸如Abbott®囊性纤维化基因分型分析 (寡核苷酸 - 连接分析,OLA)等试剂盒进行CF分析的理想选择)。主要分析屏幕提供了电泳图和等位基因报告中突变等位基因的快速视觉评估。突变等位基因标记在电泳图中以对比色显示,用于突变等位基因的即时可视化。 MCC 在产前基因检测之前,可以使用ChimerMarker®软件轻松进行测试,以治疗囊性纤维化等疾病。
在ARMs应用程序中查看GeneProbe EU-2的结果。该应用包括两种染料化学的自动分组,突变和野生型等位基因调用的痕量比较,差异直方图和报告表。
9、微卫星不稳定性(MSI)分析
GeneMarker®软件中的MSI应用程序,GeneMapper®,Genotyper™,GeneScan®, MegaBACE Genetic Profiler,CEQ™片段分析软件的生物学家友好替代品; 直接链接到主分析屏幕,是一个很好的分析工具包,如Promega公司MSI分析系统,罗氏HNPCC微卫星不稳定性的测试, 应用生物系统公司的引物MSI与分离ABI PRISM? 310,3100,3130,3500,3730,贝克曼CEQ™或MegaBACE™ 用于比较肿瘤与相应正常样本的遗传分析仪,如结肠直肠, 乳腺 升高 - 微小卫星不稳定性 - 选择性 - 四核苷酸 - 重复序列(EMAST), 膀胱癌。这种不稳定性是由于DNA复制过程中重复单元的插入或缺失以及错配修复系统(MMR)失败以纠正这些错误。GeneMarker软件的MSI分析模块根据峰峰值比较比较肿瘤与正常样本。定制的最终报告包括电子签名的标题,跟踪覆盖(肿瘤和正常),
二、生态/农业/野生动物
1、SNPlex®和SNPWave®分析
确定SNP基因型的一种高通量方法是SNPWave (Keygene NV),其使用与AFLP-引物选择性扩增偶联的等位基因特异性探针的多重寡核苷酸连接扩增。SNPWave Multiplex等位基因的基本原理 - 基于使用具有独特填充物的探针(绿色)进行连接的区分。 构建了对SNP和侧翼序列特异的环化挂锁连接探针。基因座特异性探针与变性的基因组DNA杂交。等位基因特异性由挂锁探针的5'末端的SNP决定。含有与SNP互补的5'核苷酸的探针将在随后的反应中通过PCR连接和扩增。或者, SNPlex 基因分型(Applied Biosystems)已被用于研究多种研究中的SNP,包括乳腺癌和基因型植物。GeneMarker软件基因分型软件专为快速,准确,高效地分析MegaBACE®的SNPlex 和SNPWave 数据而设计, Beckman-Coulter® 或ABI®PRISM 毛细管电泳系统。
2、SNPlex®和SNPWave®分析
确定SNP基因型的一种高通量方法是SNPWave (Keygene NV),其使用与AFLP-引物选择性扩增偶联的等位基因特异性探针的多重寡核苷酸连接扩增。SNPWave Multiplex等位基因的基本原理 - 基于使用具有独特填充物的探针(绿色)进行连接的区分。 构建了对SNP和侧翼序列特异的环化挂锁连接探针。基因座特异性探针与变性的基因组DNA杂交。等位基因特异性由挂锁探针的5'末端的SNP决定。含有与SNP互补的5'核苷酸的探针将在随后的反应中通过PCR连接和扩增。或者, SNPlex 基因分型(Applied Biosystems)已被用于研究多种研究中的SNP,包括乳腺癌和基因型植物。GeneMarker软件基因分型软件专为快速,准确,高效地分析MegaBACE®的SNPlex 和SNPWave 数据而设计, Beckman-Coulter® 或ABI®PRISM 毛细管电泳系统。
3、T-RFLP(末端限制性片段长度多态性)分析
T-RFLP 是一种基于PCR的遗传指纹技术,用于研究微生物群落结构基于16S rRNA基因的变异。通常使用毛细管电泳分离这些DNA片段。引物对的引物之一用荧光染料标记,并用于通过PCR扩增目的基因的选定区域。Beckman CEQ™,ABIPRISM®或MegaBACE™)。可以通过分析TRF模式的数量和峰值高度来估计群落中的微生物多样性。GeneMarker软件能够为T-RFLP生成高灵敏度和可重复的结果 分析和自动核糖体基因间隔分析(ARISA)通过调整AFLP分析默认设置。可以打印或保存报告表以导入其他T-RFLP分析软件,例如T-REX。
GeneMarker®软件的大片段大小调整技术通过提供扩展的多路复用机会,扩展并降低了这些技术的成本。
峰值表显示在样本电泳图下方,显示用于编辑峰表中项目的选项菜单(单击鼠标右键并将光标放在突出显示的单元格上将激活编辑菜单)。
4、连锁谱系微卫星分析
微卫星分析 (SSR, STR, VNTR, MLVA)
微卫星 (也称为简单序列重复,简单串联重复,真核生物研究中的可变核苷酸串联重复;以及微生物研究中的多位点-VNTR-分析)被广泛用于基于天然存在的基因型确定生物的基因型变化。对于真核生物,基因型用于群体遗传学等领域 ,取证,农业进步。对于细菌和其他微生物,MLVA用于群体遗传学,研究传播途径,感染源以及疫苗接种的影响和抗生素对抗生素抗性的影响。与GeneMapper®,Genotyper™,GeneScan®, CEQ™片段分析软件相比,GeneMarker软件通过自动校正常见的基因分型问题(包括饱和峰值和上拉峰值,仪器峰值和口吃峰值)缩短了分析设置时间。灵活的面板编辑器提供 微卫星分析所需的定制面板。GeneMarker®软件的自动运行向导旨在使分析快速,简便,准确; 与所有ABIPRISM®,Beckman CEQ™或MegaBACE™ 遗传分析仪兼容。访问我们的网络研讨会 有关GeneMarker软件中微卫星分析工具的更多详细信息。
GeneMarker软件配备了多种数据处理选项,使微卫星分析更加准确:
饱和度校正:通过基于饱和度之前和之后的峰形创建合成峰来分析饱和数据点。
基线减法:软件删除基线,使Y轴高于噪音水平。
上拉校正:此功能可消除波长出血引起的峰值。
尖峰校正:该软件可自动消除由激光路径中的微气泡或碎片引起的电压尖峰的峰值。
Stutter Peak Correction:软件自动过滤由PCR滑移引起的断续峰。
链接谱系工具
用户可以打开.ped类型的现有谱系文件,也可以在GeneMarker软件的谱系工具中创建新的谱系文件。谱系图旨在帮助识别遗传模式和异常。带有样本文件的谱系中的所有个体都通过鼠标点击直接链接到相应的电泳图谱,并且具有不合逻辑或异常等位基因呼叫的个体以红色突出显示。谱系和显示等位基因的电泳图之间的联系要求每个标记进行分析,使分析快速有效。
5、自然群体微卫星(SSR,STR)数据的亲缘关系分析
GeneMarker®软件,来自ABIPRISM®,Beckman CEQ™或MegaBACE™ 毛细管电泳的DNA片段数据基因分型软件 ,包括一个链接的亲属关系分析和数据库搜索模块 ,使生态学家和其他野生动物研究人员能够轻松识别自然血缘关系植物 和动物 种群,偷猎 案例,牲畜 育种计划和水产养殖。
“亲属关系分析”工具提供了一个报告表,其中包含样本对的三代概率和似然比。严格的统计分析(Brenner,1997 ; Li和Sachs,1954)确定血缘关系的水平使用下降身份(IBD)方程,GeneMarker软件数据库搜索工具识别具有相同STR配置文件的样本并计算随机匹配概率; 识别和排列每个关系水平与实验样本具有最高似然比的文件。遗传分析参数允许设置错误输入或变异。组合多路复用结果,以及先前存档的基因型.txt或.cmf文件,提供简单的数据库更新。
6、SBE分析(单碱基扩展/SNaPshot®分析)
GeneMarker®软件是确定单碱基引物延伸(SBE)或 毛细管电泳系统SNaPshot数据(包括Beckman CEQ™,ABIPRISM®或MegaBACE™)的SNP基因型的优秀工具)。将直接位于SNP侧翼的3'末端的未标记引物通过Taq聚合酶延伸一个核苷酸,并添加与多态性碱基互补的荧光标记的ddNTP。得到的片段长一个核苷酸,但是由于荧光染料对这些小片段的电泳迁移率的影响,从电泳观察到的片段大小将大于预期。SNP可以通过与掺入的标记的ddNTP相关的单色或双色峰和引物的长度来鉴定。
GeneMarker软件是用户友好的 软件,在一条迹线上显示双色SNP,对于来自SNuPe™ 和SNaPshot的数据至关重要 ,并且包含强大的 大小调用 算法,可将片段长度分解为少于一个碱基对,具有高效等位基因调用,调整为小片段的移动性转移SNP基因型链接到App Note SBE / SNaPshot
7、TILLING®分析
TILLING和EcoTILLING 自2000年以来被广泛用于检测从拟南芥 到斑马鱼等生物中的单核苷酸多态性(SNPs)。测试样品可以从天然群体实验诱变(乙基甲磺酸盐,辐射等)或源自肿瘤或患病组织。
链接的TILLING分析模块使用GeneMarker®软件精确的尺寸调用算法分析数据,定制的运行向导可快速分析MegaBACE®, Beckman-Coulter® 或ABI®PRISM 毛细管电泳或平板凝胶(如LICOR®)的原始数据 平台)使用JelMarker® 软件进行分析。
简而言之,用基因特异性引物鉴定目的基因并进行PCR扩增。扩增子的引物用两种荧光染料标记 - 前向通常用FAM-blue标记,反向引物通常用HEX-green标记。混合样品,从而形成异源双链。杂交片段在异源双链点位点被切割CEL I或Surveyor™核酸酶,产生多对互补长度和染料颜色的片段。变性的样品可以通过凝胶电泳或与内部尺寸标准混合并通过毛细管电泳进行。SNP将产生两个不同颜色的峰,并且大小的总和将等于扩增子长度。
8、MLVA分析(多基因座可变数串联重复分析)
MLVA (多基因座可变数串联重复分析是一种使用VNTRs(可变数目串联重复序列)的分子分型方法,类似于 真核生物中的简单序列重复(SSR)和STR(短串联重复,微卫星)分析,并用于研究范围从传输路线研究,抗生素耐药性(如MRSA)对食品安全(Salmonela测试)和微生物来源追踪。MLVA比其他微生物鉴定方法(荚膜多糖和表面蛋白的分型,Spa序列分型)具有更好的分辨率,提供更易于使用的结果聚类 分析。与 多基因座序列分型[MLST]或脉冲场凝胶电泳相比,MLVA也更便宜且劳动强度大。GeneMarker软件为所有毛细管电泳仪器(ABI®PRISM, Beckman-CEQ™)的MLVA数据提供快速, 准确的基因分型和MegaBACE®),欧洲葡萄球菌参考实验室推荐用于MLVA。GeneMarker软件中的灵活面板编辑器可轻松定制用于商业或定制化学品(引物组)的面板。
三、速度分析工具
1、聚类分析的自动树形图构建
数据聚类计算的生物学应用包括生态学中的系统发育分析和社区比较,基因表达模式,酶促途径作图和生物信息学领域中的功能基因家族分类。它已成功与AFLP, 微卫星 和RAPD配对 分析技术适用于各种应用。
GeneMarker软件将来自ABI®PRISM, Beckman-Coulter®, MegaBACE® 遗传分析仪的原始数据的准确基因分型与分层聚类相结合方法。该程序将每个数据点视为单个集群,并连续合并集群,直到所有点已合并为单个剩余集群。研究人员可以从不同的链接类型中选择 - 单一,完全或平均 - 用于聚类算法。结果以树形图和表格的形式呈现,提供每个点之间的欧几里德距离。
来自聚类分析的树形图使用来自一个多路复用的等位基因调用(左)和基于3个多路复用的组合结果(右)的相同文件的树状图来分析30个文件。
2、高分子分析工具:在没有内部尺寸标准的情况下对齐多个毛细管的碎片
高分子工具有助于分析没有内部通道尺寸标准的大分子。取决于大分子的大小和配置, 迁移率通过毛细血管变化很大,如多糖或碳水化合物。可能不容易获得相同大分子的内部尺寸标准。GeneMarker®软件与ABI®PRISM, Beckman-Coulter®的数据兼容 , MegaBACE® 毛细管电泳系统。该工具使研究人员能够物理识别已知具有相同大小的参考峰,并使用此信息从一个毛细管与另一个毛细管对齐。用户友好的运行向导提供对齐毛细血管的快速分析。然后可以将对齐的大分子片段的特征(例如相对大小,峰高,峰面积)输出到excel表中或作为研究的最终报告打印,包括确定降解产物或其他大分子的数量和相对大小等特征,例如DNA结合 碳水化合物通常在基因调控中起作用
3、项目合并工具:将多个分析合并为一个综合结果,以改善亲缘关系,群体遗传学,连锁和关联遗传学研究
通过重叠标记范围,获得野生动物和植物研究或医学研究的完整遗传谱常常变得复杂和/或不相容的化学物质; 使用不同组的标记物或基因座特异性引物,必须多次扩增相同的样品。传统上,研究人员将基因分型结果从多个多路复用输出到电子表格中,并手动组合每个人的等位基因调用。ABIPRISM®,Beckman CEQ™或MegaBACE™ 基因分析仪。此合并报告可以保存为全基因组基因型,或导入其他GeneMarker软件应用程序,如聚类分析(自动树状图)或关系测试和亲属关系分析 ; 通过包含来自更多标记的信息来提高这些分析的稳健性。
该合并项目工具允许研究人员将两个或多个GeneMarker软件项目的结果(每个项目使用包含一组独特标记或基因座的面板)方便地组合到一个单一的综合报告中。该报告表示来自各个项目的多重标记(基因组)标记/基因座的单一视图,为每个样品提供完整的基因型。
使用三种不同的多重扩增来扩增30个DNA样品。每个多重包含4或5个独立分配基因座的引物。GeneMarker软件中的合并项目工具为每个具有14个标记的个体提供了单一基因型。等位线退出用**表示。
报告样式选项:
标记表适用于关系测试或亲属关系分析中的进一步分析
峰表提供带有标记和等位基因名称,片段大小(MW),峰高,高度
比,峰面积,面积比的电子表格
Bin Table用于进一步分析使用聚类算法进行系统发育。
1)合并基因型增加歧视力
使用单一多重结果(5个独立分配基因座 - 上图)和组合基因型(14个独立分配基因座 - 下图)的数据库搜索的比较。具有1/8的同一文件。当使用5个基因座时,在该群体中具有相同基因型的另一个随机个体的36×10到10的概率现在进一步确信这不是第二个个体,因为LR是1 / 3.82×10到25时14 loci用于IBD计算。额外的基因座也将潜在的父/子文件从四个改进为两个。
2)使用合并基因型和聚类分析的精细树状图
来自合并项目的其他基因座的信息提供了更具信息性的树形图。比较下面的两个树状图,在上部(5个基因座)图中区分了三个分支,而在使用14个基因座的树状图的相同区域中有8个分支。

安装破解教程

1、在本站下载并解压,得到GeneMarker.EXE安装程序和NextGENe_V2.4.2.3 Patch.exe破解补丁,双击GeneMarker.EXE,安装软件,如图所示,选择软件安装路径,点击next
2、继续点击next进行安装,安装完成后不要启动程序,将GeneMarker.exe复制到安装目录中,点击替换目标中的文件,默认路径C:\Program Files (x86)\SoftGenetics\GeneMarker\V3.0.0 (35-day Val)

使用帮助

一、导入数据文件
安装GeneMarker软件后,您就可以开始进行片段分析了。 首先,必须将原始数据文件上载到程序中。 以下是GeneMarker支持的文件类型列表。
二、
程序
1.Launch GeneMarker
2.单击“打开数据”
3.将出现“打开数据文件”框
4.单击“添加”按钮
5.将出现“打开”对话框
6.导航到包含原始数据文件的目录
7.通过CTRL + A选择所有文件或使用CTRL和/或SHIFT键选择单个样本
8.单击“打开”对话框中的“打开”按钮
9.所选文件将显示在“数据文件列表”字段中
10.单击“打开数据文件”框中的“确定”按钮,样本将上载到GeneMarker
三、特征
“打开数据文件”框中提供了多种功能,可以更轻松地上传数据。
1、添加..…
用于查找和选择要上载的原始数据文件。单击“添加”按钮旁边的箭头按钮以查看最近访问的四个目录。
2、去掉
用于从“数据文件列表”中删除样本。通过在“数据文件列表”中单击鼠标左键单击删除样本,然后单击“删除”。
3、移除所有
从“数据文件列表”字段中删除所有示例文件。
4、新增文件夹..…
单击“添加文件夹”以从文件目录树中的特定文件夹上载原始数据文件。单击“默认”超链接以选择单击“添加或添加文件夹”按钮时GeneMarker将始终打开的文件夹。
5、通道
 使用4,5,6色选项卡选项打开“设置通道”对话框,允许用户从通用(蓝色,绿色......),Applied Biosystems,Promega或Qiagen染料名称中进行选择。默认通道颜色设置是通用的。使用图标添加新的化学/染料名称或删除。通道顺序将由数据文件扩展名自动确定(.fsa,.sgl AB染色顺序,.scf,。esd Beckman和.rsd MegaBace)。在“打开数据文件”对话框中单击“确定”之前设置染料颜色通道。
四、
原始数据分析
上载原始数据文件后,将显示“原始数据主分析”窗口。 双击“示例树”中的示例以打开各个原始数据跟踪。 合成凝胶图像以传统的凝胶形式显示未处理的数据,右侧有较大的碎片。 电泳图显示荧光信号强度,作为每种染料颜色的单线迹线。 以相对荧光单位(RFU)记录的信号强度沿原始数据分析窗口中的帧标度绘制,具有从右到左的片段移动性。 最小尺寸的碎片位于迹线的最左侧。
五、
主工具栏图标
去除尖峰:去除激光中微气泡或碎片引起的电压尖峰的峰值
人|路径。默认情况下,在运行向导中选择此选项。
饱和度校正:根据饱和度前后的峰形创建合成峰
这些结果的准确度将低于非饱和峰值的结果。默认选择此选项
在运行向导中。
平滑:此功能通过消除较小的噪声峰值来平滑基线。选择此选项
搓默认在运行向导中。
基线减法:选择此选项将完全删除基线,以便Y轴
提升到噪音水平以上。默认情况下,在运行向导中选择此选项。
自动上拉移除:自动移除波长渗透到其他峰值引起的峰值
| wavelengths.This选项默认在“运行向导”中选中。
手动上拉校正:允许用户手动调节较大的上拉峰值,以防万一
A | Auto Pull-up Remooal功能尚未解决问题。建议取消选择上拉
使用此功能时,在运行向导中进行更正。
2nd Derivative Trace:此功能可降低高背景噪音并锐化峰值。基线
通过该功能,还可以减少由染色斑点或PCR中的DNA模板引起的DT |波动。
当激活此功能时,建议在运行向导中取消选择Spike Removal。
六、
您能期待什么
可以在原始数据分析窗口中单独选择原始数据校正图标。 下面的图像演示了数据在应用参数之前(左图像)和之后(右图像)的外观。
1、范围
AutoRange-分析从0到跟踪结束大小调用手动范围 - 用户定义的范围在凝胶图像中单击鼠标右键,然后选择获取起始点
2、
平滑
傅立叶频率变换(FFT)确定频域仅使用前40%的最低频率
平滑会扩大峰值,因此您可能会失去分辨率
增强平滑 - 与平滑相同,但仅使用前20%的最低频率
3、基线减法
使用20%的最低强度(在范围的开头右侧)
查看500-600帧部分中的迹线

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